Het hing al even in de lucht dat Mislintat ging terugkeren bij de club waar hij tussen 2009 en 2017  verschillende functies bekleedde. Hij werkte bij de Duitse club als scout, hoofdscout en ook als technisch directeur, de functie die hij ook had bij Ajax. 

Onderzoek naar Duitser

De directie van Ajax stuurde Mislintat in september de laan uit. De reden voor zijn ontslag was een 'gebrek aan breed draagvlak binnen de organisatie'. Mislintat kwam onder vuur te liggen nadat bleek dat hij een aankoop deed via een zakenrelatie uit Duitsland. Het ging om de transfer van linksback Borna Sosa. Ajax liet een onderzoek uitvoeren, waar de Raad van Commissarissen een samenvatting van publiceerde. 

Uit het onderzoek kwam naar voren dat er geen aanwijzingen waren voor belangenverstrengeling tijdens transfers van de Duitser in zijn periode bij de club. Wel konden er vraagtekens worden geplaatst bij zijn handelwijze. Bijvoorbeeld dat Mislintat soms een voorgestelde prijsvraag accepteerde van een tussenpersoon zonder rechtstreeks namens Ajax te onderhandelende met de betreffende club.

Vraagtekens bij onderzoek

Over het onderzoek zijn echter ook gefronste wenkbrauwen. Zo werd Piet Eringa, voorzitter van de Raad van Commissarissen van Ajax tijdens de Mislintat-periode, niet geïnterviewd en is er niet gesproken met alle mensen die mee hebben gewerkt aan de transfer van Sosa. De Vereniging voor Effectenbezitters (VEB) liet zich ook kritisch uit in Het Parool en noemde het 'broddelwerk van de bovenste plank'. "De rvc heeft zelf de conclusies geformuleerd, terwijl diezelfde rvc Mislintat zijn gang liet gaan."

In zijn nieuwe functie bij Dortmund heeft Milsintat wel een minder belangrijke rol dan hij had in Amsterdam. Hij moet rapporteren aan de directeur sport en de technisch directeur. Dortmund zelf beschrijft de Ajax-mislukking als 'een expert met jarenlange ervaring en een succesvol BVB-verleden'.